Instytut Geografii Uniwersytetu Gdańskiego wchodzi w skład wydziału Oceanografii i Geografii. Został utworzony na bazie kierunku Geografii Wydziału BGiO, na mocy Uchwały 76/05 Senatu Uniwersytetu Gdańskiego z dnia 23 czerwca 2005 roku.

Kierunek Geografia był obecny na Uniwersytecie Gdańskim od początku jego istnienia. (1970). Wcześniej, jeszcze w strukturze Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Gdańsku (od roku 1946), problematyką geograficzną zajmowano się na Wydziale Przyrodniczym a od roku 1953 na Wydziale Geografii.

W czasie swej historii kierunek kilkakrotnie zmieniał siedzibę. Obecnie jest on rozrzucony w granicach konurbacji trójmiejskiej na przestrzeni kilkudziesięciu kilometrów. Dziekanat kierunku, Pracownia Dydaktyki Geografii i Biologii oraz katedry związane z geografią społeczno-ekonomiczną mieszczą się w Gdyni przy Alei Piłsudskiego 46. Dyrekcja Instytutu Geografii oraz katedry zajmujące się geografią fizyczną znajdują się w neogotyckim budynku w Gdańsku Wrzeszczu przy ulicy Dmowskiego 16a.